回到三岛需要满足特定条件，并非随时可以前往。首先必须完成关都地区的主线剧情，包括击败8个道馆馆主和四天王成为冠军。之后与真新镇的大木博士对话触发任务线，获得前往群岛的资格。关键道具是行船票，需在完成红宝石任务后从博士助手处领取，持有该票才能乘坐塞莉市码头的海狮号渡轮选择三岛目的地。
初次登岛通常是为了解决火箭队事件或寻找失踪NPC，任务完成后会暂时离开。若未通关主线就提前登岛，可能导致部分神兽无法捕捉或剧情卡顿，需返回关都继续推进主线。通关后则无此限制，可通过渡轮反复往返三岛，但需确保每次登船时持有有效船票。
三岛地图包含多个探索区域，如火山洞穴、宝贝屋等，通关后还会解锁隐藏训练师挑战。火山洞穴需用怪力术推动岩石，内部有特殊宝可梦和道具；宝贝屋提供宝可梦交换功能。部分区域如冰洞需要登瀑布技能，需提前在4号岛获取。岛屿间的通行并非单向，但需注意某些支线任务（如寻找蓝宝石）会暂时限制移动，需完成任务才能恢复自由航行。
若中途丢失船票或未触发关键对话，需重新检查任务进度。例如红宝石/蓝宝石任务线中，若未交付宝石给博士助手，渡轮航线不会开放。三岛的部分神兽如洛奇亚需在8号岛洞穴迷宫深处触发，而迪奥西斯则需在9号岛解谜后出现，这些均要求玩家完成前期岛屿任务链。
建议优先推进主线并保留关键道具，避免因遗漏任务导致卡关。岛屿上的隐藏内容和神兽分布也值得反复探索，但需注意部分区域存在剧情锁或地形障碍。
